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Christian Sepúlveda
Gerente de Proyectos
SeiT 

Con el propósito de separar el tráfico que va por un determinado enlace, es posible establecer dos ipsec utilizando network-id para que fortigate permita crear más de una ipsec con el mismo IP origen y destino.
Esta configuración asume experiencia configurando ipsec en fortigate, y familiarización con la configuración del fortigate mediante CLI. Si necesitas apoyo con algo como esto, no dudes en contactarnos para ver como te podemos ayudar.

Configuración: 

Esta configuración no es posible realizarla a través de la interfaz gráfica, todo debe ser configurado mediante cli. Se utilizan 2 instrucciones que no están en el GUI, network-overlay, que permite los mas de una ipsec mismo origen y destino, y network-id, como identificador en la configuración. 

Sugiero crear una configuración en GUI de acuerdo con lo necesario, y agregar los 2 parámetros según el ejemplo, en el otro extremo, ajustar según corresponda, manteniendo el network id. 

config vpn ipsec phase1-interface
    edit “ipsec-a”
        set interface “port1”
        set ike-version 2
        set peertype any
        set net-device disable
        set proposal des-sha1
        set network-overlay enable
        set network-id 1
        set remote-gw x.x.x.x
        set psksecret xxxxxxx 
    next
     edit “ipsec-b”
        set interface “port1”
        set ike-version 2
        set peertype any
        set net-device disable
        set proposal des-sha1
        set network-overlay enable
       set network-id 2
        set remote-gw x.x.x.x
        set psksecret xxxxxxx
    next
end 

Referencias: 

https://community.fortinet.com/t5/FortiGate/Technical-Tip-How-to-establish-more-than-one-IPsec-tunnel-with/ta-p/240955